Entre esas dos, es mejor la Nvidia manin, sus especificaciones, serie, etc son mas modernas que la ATI. con lo del PCI es como todo en el hardware, como el AGP 4x que corria con tarjetas 8x. USB 2.0 que se adaptan a 1.0 etc. Siempre es compatible con lo anterior, pues no les conviene que no lo sea, el problema es a la inversa, si tu tarjeta es PCIex 1.0, nunca podras hacerla correr a las segunda revision por ejemplo.