Cita:
Iniciado por Omura 
no se si te sirva pero usando Thunderbird podrías usar el complemento/extensión ImportExportTools (Mboximport enhanced) y exportar tus correos como EML, de esta forma mantendrías un backup con la misma estructura de carpetas pero con los correos como archivos sueltos.
Y funciona automáticamente? O sea, recibes un correo y automáticamente lo libera como un archivo independiente o hay que hacer el proceso manualmente?