Hola,
Primero decirte que la aplicación web principal de la uco es una hecha a medida, por alumnos be3carios y proyectos fin de carrera.
http://www.uco.es/
Donde se usa joomla es en las webs de los departamentos interesiores o aulas virtuales:
Facultad de Veterinaria
http://www.uco.es/aulatoro/
COnsejo de estudiantes
http://www.uco.es/organizacion/ceu/
Red Eva
http://pvirtual.uco.es/redeva/
y otras importantes como SIGMA
http://www.gestionuniversitariasigma.com/inicio.html por no pararme a buscar más.
Además comentarte que contamos con personalidades conocidas dentro del mundo del software libre como Daniel Olivera o el profesor y amigo intimo de Richard Stallman, Carlos de Castro, ponente en la
OSCW 08 por citar la ultima, que son fieles defensores de Joomla como gestor de contenidos, lo cual debe sr por algo.
De todas formas, yo te recomiendo que uses el que mejor domines y te sientas más cómoda ya que ambos estando actualizados son de lo más seguro.
Cualquier otra cosa que necesites aqui me tienes ;)