No sé si guardará alguna relación, pero en la base de datos de errores de PHP se comenta uno bastante antiguo (de 2002) con un problema parecido, cuando se tenía funcionando php en cgi, no como módulo de apache. Y al parecer, el apaño consistía en declarar explícitamente el charset para que no se usara el definido por defecto. Prueba por si las moscas...
Código:
header("Content-type: text/plain; charset=iso-8859-1");
(o el que corresponda: UTF-8, etc)