Para tu primera pregunta, no se puede, no se puede mezclar Javascript con PHP, a lo sumo en algunos casos puedes usar AJAX para obtener datos dinámicamente del servidor, pero depende del caso.
Para tu segunda pregunta, puedes simplemente poner en un campo hidden la variable, así se envía junto con el formulario, o usar variables de sesión.
EDITO:
eZakto, lo siento por el choque, lo notable es que dijimos prácticamente la misma cosa
:. Saludos
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