No se si entendí bien lo que dijiste, pero creo que podrías hacerlo así:
Código PHP:
$('#nombre_id').attr('value', '<?php echo $nombrevariablephp; ?>');
Un ejemplo completo:
Código PHP:
<?php
$mivariable = 'Hola';
?>
<head>
<title>Prueba con jQuery</title>
<script type="text/javascript" src="scripts/jquery.js"></script>
<script>
$(document).ready(function(){
$('#nombre_id').attr('value', '<?php echo $mivariable; ?>');
});
</script>
</head>
<body>
<form id="formulario">
<input type="input" name="nombre" id="nombre_id" value=""/>
</form>
</body>
Espero que te ayude.
Saludos.