Tenés eventos en javascript que te permiten saber cuando se cierra la ventana (onbeforeunload (
http://www.experts-exchange.com/Prog..._22510148.html)). Deberías hacer un llamado en background syncr (podés usar AJAX) y ahí hacer lo que te dice Xematick.
Preguntá en el foro de AJAX o JS para más información.
PD: Adivino que esta ventana es un popup y en otra sigue el site abierto...es así?