bueno ya lo arregle se los dejo 
   Código PHP:
    function agregar_fila(origen,destino) {
    ///////////////////////////////////////////
    var region   = origen.regiones.value;
    var territorio = origen.territorio.value;
    var provincia = origen.provincia.value;
    var comuna = origen.comuna.value;
    var localidad = origen.value;
    
    var nuevo_indice = destino.rows.length;
    var fila;
    var celda;
    var valor;
    
    fila = destino.insertRow(nuevo_indice);
    fila.style.background = "white";
    
    ///////////////////////////////////////////
    celda = fila.insertCell(0);
    valor = document.createElement("input");
        valor.type = "checkbox";
        valor.id = "marca";
        valor.name = "marca";
        valor.value = nuevo_indice;
    celda.appendChild(valor);
    ///////////////////////////////////////////
    celda = fila.insertCell(1);
    var region = document.createElement('input') 
        region.type = 'hidden'
    var region_id = document.getElementById('regiones');
        var txtTextObj = document.getElementById('txtText');
        
    var selIndex = region_id.selectedIndex;
        region.value = region_id.options[selIndex].text;    
    valor = document.createTextNode(region.value);
    celda.appendChild(valor);
    
    ///////////////////////////////////////////
    celda = fila.insertCell(2);
    var territorio = document.createElement('input') 
        territorio.type = 'hidden'
    var territorio_id = document.getElementById('territorio');
        var txtTextObj = document.getElementById('txtText');
    var selIndex = territorio_id.selectedIndex;
        territorio.value = territorio_id.options[selIndex].text;    
    valor = document.createTextNode(territorio.value);
    celda.appendChild(valor);
    
    ///////////////////////////////////////////
    celda = fila.insertCell(3);
    var provincia = document.createElement('input') 
        provincia.type = 'hidden'
    var provincia_id = document.getElementById('provincia');
        var txtTextObj = document.getElementById('txtText');
    var selIndex = provincia_id.selectedIndex;
        provincia.value = provincia_id.options[selIndex].text;    
    valor = document.createTextNode(provincia.value);
    celda.appendChild(valor);
    
    ///////////////////////////////////////////
    celda = fila.insertCell(4);
    var comuna = document.createElement('input') 
        comuna.type = 'hidden'
    var comuna_id = document.getElementById('comuna');
        var txtTextObj = document.getElementById('txtText');
        
    var selIndex = comuna_id.selectedIndex;
        comuna.value = comuna_id.options[selIndex].text;    
    valor = document.createTextNode(comuna.value);
    celda.appendChild(valor);
    
    ///////////////////////////////////////////
    celda = fila.insertCell(5);
    var localidad = document.createElement('input') 
        localidad.type = 'hidden'
        localidad.name = 'localidad[]'
    var localidad_id = document.getElementById('localidad');
        var txtTextObj = document.getElementById('txtText');
        
    var selIndex = localidad_id.selectedIndex;
        localidad.value = localidad_id.options[selIndex].text;    
    valor = document.createTextNode(localidad.value);
    celda.appendChild(valor);
    
    ///////////////////////////////////////////
    celda = fila.insertCell(6);
    var latitud = document.createElement('input') // latitud
        latitud.type = 'text'
        latitud.name = 'latitud[]'
        
        celda.appendChild(latitud);
    ///////////////////////////////////////////
    celda = fila.insertCell(7);
    var longitud = document.createElement('input') // longitud
        longitud.type = 'text'
        longitud.name = 'longitud[]'
        
        celda.appendChild(longitud);
    ///////////////////////////////////////////
    
    celda = fila.insertCell(8);
    var monto = document.createElement('input') // montos
        monto.type = 'text'
        monto.name = 'montos[]'
        
        celda.appendChild(monto);
    ///////////////////////////////////////////
    var    region = document.createElement('input') // territorio
        region.type = 'hidden'
        region.name = 'regiones[]'
    var region_id = document.getElementById('regiones');
        var txtidObj = document.getElementById('txtid');
    var selIndex = region_id.selectedIndex;
        region.value = region_id.options[selIndex].id;
        region.innerHTML=region;
        celda.appendChild(region);            
    ///////////////////////////////////////////
    var    territorio = document.createElement('input') // territorio
        territorio.type = 'hidden'
        territorio.name = 'territorios[]'
    var territorio_id = document.getElementById('territorio');
        var txtidObj = document.getElementById('txtid');
    var selIndex = territorio_id.selectedIndex;
        territorio.value = territorio_id.options[selIndex].id;
        territorio.innerHTML=territorio;
        celda.appendChild(territorio);            
    ///////////////////////////////////////////
    var    provincia = document.createElement('input') // territorio
        provincia.type = 'hidden'
        provincia.name = 'provincias[]'
    var provincia_id = document.getElementById('provincia');
        var txtidObj = document.getElementById('txtid');
    var selIndex = provincia_id.selectedIndex;
        provincia.value = provincia_id.options[selIndex].id;
        provincia.innerHTML=provincia;
        celda.appendChild(provincia);            
    ///////////////////////////////////////////
    var    comuna = document.createElement('input') // territorio
        comuna.type = 'hidden'
        comuna.name = 'comunas[]'
    var comuna_id = document.getElementById('comuna');
        var txtidObj = document.getElementById('txtid');
    var selIndex = comuna_id.selectedIndex;
        comuna.value = comuna_id.options[selIndex].id;
        comuna.innerHTML=comuna;
        celda.appendChild(comuna);            
    ///////////////////////////////////////////
    var    localidad = document.createElement('input') // territorio
        localidad.type = 'hidden'
        localidad.name = 'localidades[]'
    var localidad_id = document.getElementById('localidad');
        var txtidObj = document.getElementById('txtid');
    var selIndex = localidad_id.selectedIndex;
        localidad.value = localidad_id.options[selIndex].id;
        localidad.innerHTML=localidad;
        celda.appendChild(localidad);            
        
    ///////////////////////////////////////////    
}
function remover_filas_marcadas(origen) {
    ///////////////////////////////////////////
    var inputs = origen.getElementsByTagName("input");
    var checkboxes = new Array();
    var chk_cuenta = 0;
    
    ///////////////////////////////////////////
    for (i=0; i<inputs.length; i++)
    {
        if (inputs[i].type == "checkbox" &&
            inputs[i].id == "marca" &&
            inputs[i].checked)
        {
            checkboxes[chk_cuenta] = inputs[i];
            chk_cuenta ++;
        }
    }
    ///////////////////////////////////////////
    for (i=0; i<checkboxes.length; i++)
    {
        origen.deleteRow(checkboxes[i].value - 1*i);
    }    
    ///////////////////////////////////////////
    
    corregir_indices_tabla(origen);
    ///////////////////////////////////////////
}
function corregir_indices_tabla(origen) {
    ///////////////////////////////////////////
    var inputs = origen.getElementsByTagName("input");
    
    ///////////////////////////////////////////
    for (i=0; i<inputs.length; i++)
    {
        if (inputs[i].type == "checkbox" &&
            inputs[i].id == "marca")
        {
            inputs[i].value = i + 1;
        }
    }
    ///////////////////////////////////////////
}