No sé si funcionaría pero por probar...
Suponiendo que funcionas con apache, podrías crear un fichero .htaccess en el raíz de tu sitio web (o editar el que ya tengas, si es que existe), para añadirle algo como:
Código:
<IfModule mod_php5.c>
php_value include_path "los/path/que/corresponda"
</IfModule>
añadiendo ahí los que desees, además de los que se muestren desde phpinfo(), por ejemplo.