Cuando dices que no te las convierte... ¿es porque se muestran en el documento del navegador como comillas? ¿O Has mirado el código del html generado ("ver código fuente")?
Ejemplo:
Código PHP:
$cadena = ' "hola" \'hola\' ';
echo $cadena."\n";
echo htmlentities($cadena, ENT_QUOTES)."\n";
Te mostrará en pantalla:
Código:
"hola" 'hola'
"hola" 'hola'
Pero el código html de la página será:
Código:
"hola" 'hola'
"hola" & #039;hola& #039
(edito: pongo unos espacios a los últimos & para que no me interprete el código)
Donde se aprecian las diferencias.
Un saludo.