bueno, no es tanto el comando PHP sino ¿que estas ejecutando en tu BAT?
ya que al usar
php a solas asumes que ya existe en el PATH del sistema...
la solución, es... o colocas la ruta completa..
run.bat
Código:
C:\App\Path\PHP\php.exe "D:\Foo\Bar\script.php"
o agregas al PATH del sistema la ruta del php.exe
tu eliges, suerte!