Ok... existen al menos 2 cosas que debo comentar antes de decirte cualquier cosa.
1.- PhpMyAdmin esta diseñado para que los DBA (o administradores de bases de datos) entren a las bases mysql (en ambientes con php) desde cualquier parte (o en redes internas) para que puedan "administrar" ciertas bases de datos.
2.- Lo anterior, implica que cualquiera que vaya a entrar a phpmyadmin debe tener
al menos conocimiento basico en bases de datos.
Ahora respondo tus preguntas:
1- phpmyadmin al igual que mysql se administra directamente desde la tabla mysql, en ella existen todos los privilegios para cada usuario incluyendo usuario y password.
2- si quieres hacerlo adelante, esto implicara cambiar el codigo fuente del php que abre las tablas y ponerle la condicion de que cuando entre a la tabla consultas, se cree el link, sino ocurre esto ultimo no haga nada.
3 y 4- una vez dentro de la tabla mysql de la que te he hablado en el punto 1, salen los privilegios que tiene x usuario en y tabla... por lo tanto si tiene full privilegios en cierta tabla, podra modificar y eliminar segun tu elijas.
Suerte!