Bueno la verdad no sé si corresponda a php tu problema pero haz lo siguiente:
Con un editor de texto, bloc de notas(windwos), gedit(linux), coge el archivo php que presenta el problema, guárdalo con codificación "iso-8859-1" o "ANSI" en su defecto (el editor te da la opción). Normalmente cuando hago esto, se arreglan mis problemas de tildes y ñ.
Saludos
