Bien, se me ocurrió un idea, podrías hacerlo con javascript. El código sería así:
 
Esto iría en el mismo iframe, al final, después de </html>  
Código:
 <script language="JavaScript">
        var lnks = document.getElementsByTagName("a");
        for (var i = 0; i < lnks.length; i ++) {
            var lnk = lnks[i]
            if (lnk.target == '_blank') {
               lnk.href = "main.php?url=" + lnk.href;
            }
        }
</script>
  Espero que te sirva.