Hazlo a como te sientas mejor... pero personalmente lo hago a partir de cero [obviamente viendo los códigos de la otra]. ¿Por qué? Pues porque voy creando mi diseño en limpio y evito sus códigos comerciales los cuales están en todos sus archivos... Además de esto le voy poniendo mis propios comentarios dentro de la plantilla y los demás archivos para que me sirvan de guía en lo que estoy haciendo.
Otra cosa que te recomiendo: es que también llames a tus hojas de estilos directamente desde el header de tu plantilla [esto solo hazlo para pruebas dentro de DW, una vez en vivo o en tu servidor remoto borralos], o sea de la forma común que sería algo así:
Cita: <link href="css/template_css.css" rel="stylesheet" type="text/css" media="screen" />
De esta manera tu plantilla agarrará "algo de forma" y no total porque los códigos php harán que se veal algo extraña, pero al final obtendrás una mejor guía de esta manera. Obvio que una vez la mires desde un navegador todo quedará como se desea.