amigo lo mas facil para hacer eso es:
1. crear en tu server dos carpetas para la instalacion individual de los dos wordpress
como ejemplo puedes crear una que se llame principal en donde va tu blog principal y la otra la puedes llamar como tenes pensado blog
2. copias en las dos el wordpress (obvio) llevas a cabo las instalaciones de cada uno.
3. luego de instalarlos vas a tu blog que llamaste principal y es tu entrada principal del dominio (dominio.com) ingresas por login luego vas a opciones
en esta parte te dbe de aparecer:
Dirección de WordPress (URL)
Dirección del blog (URL)
la primera la dejas como esta y la segunda le borras "/principal" y guardas cambios
4. vas a mover el archivo index.php que se encuentra en la carpeta que creaste como principal a la carpeta de tu server (root) y lo editas:
encuentras una parte asi:
require('./wp-blog-header.php');
debe quedar asi:
require('./principal/wp-blog-header.php');
5. listo ya tienes tus dos blog funcionando perfectamente y en carpetas separadas como querias.