para sitios grandes en mi opinion deberias crear tu propio script para generar sitemap.
otra cosa
si
http://www.xml-sitemaps.com ve tu web, osea te crea el sitemap, google no es menos, tambien vera tus paginas y las indexara.
para mi usar sistemas como .xml-sitemaps.com lo veo totalmente inutil.
ahora volviendo a tu tema:
tal como popobcn, no es necesario añadir todas las url, si le das a google la ur de una categoria, y dentro de esa url tienes 100 urls mas a los temas de esa categoria esta claro que con darle la url de la categoria deberia SOBRAR
por lo tanto si tus categorias no se crean dinamicamente, osea son siempre las mismas, crea tu sitemap con las urls hacia esas categorias y listo, ojo, siempre y cuando google pueda desde esa url acceder a los temas de esa categoria.