Hola encontre una manera mas facil y fue agregarle el comando round() a el query en mysql y me quedo de esta manera.
Código PHP:
$sql="SELECT materiales.id_material, materiales.descripcion, materiales.unidad,ROUND( SUM( materiales.precio * materiales_actividad.cantidad ),2) AS total
FROM $tabla
LEFT JOIN $tabla2 ON materiales.id_material = materiales_actividad.id_material
AND materiales_actividad.id_actividad ='".$id."'
GROUP BY materiales_actividad.id_actividad";
$result=mysql_query($sql,$conexion);
y ya con eso me enseña el resultado con dos decimales nada mas.
Gracias nuevamente.