Segun lo que entiendo tienes 2 bases de datos. una en un servidor y otra en otro equipo.
Preguntas:
- Solo tienes ese solo equipo 'desktop' o planeas integrar más equipos de este nivel.
- Donde hay modificaciones en los datos. En el servidor Web o en el desktop.
- Porque las aplicaciones de los desktop no se conectan directamente a la BD del servidor en vez de trabajar con una base de datos local?