Omura, lo que propones desde mi punto de vista no es valido, es agrandar la superficie de ataque. Debemos tratar de arreglar el problema sin elevar los privilegios del usuario.
omar1977 el comando que mencionas funciona, si, pero tienes que poner el password de Administrador dentro del bat que contendrá runas. Fail de seguridad.
El problema no es de Windows, el problema es que con todo respeto el desarrollado hizo el software mal.. escribió el código pensando en Windows 98 (everyone full control), pensando en que funcione sin importarle la seguridad.
Lo ideal seria corregir el software para que no escriba en carpetas del sistema o llaves de registro criticas, pero por ahora para no complicarnos lo mejor es darle permisos al usuario en aquellas rutas a las cuales se le esta denegando acceso.
Descarga esta herramienta
http://technet.microsoft.com/en-us/sysinternals/bb896645.aspx y ejecuta el software que te esta trayendo problemas, revisa los archivos y las llaves de registro en los cuales el acceso no fue exitoso y luego asigna los permisos adecuados para que el usuario pueda acceder.
Eso es todo... la aplicación te funcionara perfectamente.
Espero haber sido claro. Saludos!