Si quieres ver si el problema esta en unos de los programas de inicio de Win, prueba esto:
Cita: Entra a ms-dos ya sea con el cd de de win98 o con un disco de arranque desde el floppy, una ves ahi ve a la carpeta de windows y en el símbolo del sistema pon: C:\Windows>edit win.ini, te aparecera el editor de msdos, ahi ve si hay algun problema. Ahora checa el autoexec.bat regresandote a C:\>, y poniendo C:\>edit autoexec.bat e igual ves si hay algo mal, si quieres ver otros archivos como el system.ini esta en la carpeta de windows y el config.sys esta en el directorio raíz C:\>
Ojala te sirva de algo