En mi trabajo emplean AlphaCom (comercial):
http://www.omnicomtech.com/products/alphacom.php3
En mi caso particular, utilizo FreeXer (open source), el cual, ademas, me permite ejecutar programas X windows:
http://sourceforge.net/projects/freexer/
Ambos programas guardan un archivo de configuracion con los datos de conexion, por lo que solo escojes la conexion a abrir, y listo.