Como te comente tienes que pasar los checados a un arreglo, y posteriormente cuando estes imprimiendo todos usas in_array para ver si estan checados. Un ejemplo:
Código php:
Ver original<?php
$checked = '';
if(in_array($row['productoid'], $arrayDeChecados)) { $checked = ' checked="checked"';
}
echo "<td><input name=\"1[]\" type=\"checkbox\" value=\"".$row['productoId'] . "\"$checked>".$row['productoId'] . "</td>";
Saludos.