Sabes.. en windows no probé esto con un archivo externo mío.. si probé lo de llamar al notepad o al paint y me funcionó. Voy a probar en windows a ver si funciona.
     Cita:  
					Iniciado por dogduck 
  Para lanzar un ejecutable desde windows con java, 
yo utilicé: 
public class test {
	public static void main(String[] args){
		Runtime aplicacion = Runtime.getRuntime(); 
        try{aplicacion.exec("C:/Windows/System32/NOTEPAD.EXE"); }
        catch(Exception e){} 
	}
} 
Prueba a ver si en lugar del notepad ( 

 que es de windows), puedes lanzar comandos de la shell de unix... lo que no se es si debes de invocar a la shell como en windows ( cmd /C dir *.*). 
Salu2 
postdata: date una vuelta por el foro de java ...