Para manual .. tienes el oficial de Mysql:
www.mysql.com/doc
Ese lo tienes que tener siempre a mano .. como "libro de cabecera xD" ....
Luego lo otro son "tutoriales" .. q es bien distinto a un manual (y mas de referencia como lo es el de Mysql oficial ...)
Ahí puedes empezar por leer o buscar un manual de SQL genérico .. pues en eso se basa todo el embrollo de Mysql principalmente .. aunque Mysql no cumple con los ISO .nosecuantos de SQL pero te pueden orientar .. (completandolo con el manual oficial de Mysql ...)
Luego .. manual oficial de PHP seccion o capítulo de uso de funciones de Mysql con PHP ... (mysql_connect() .. mysql_query() .. etc)
La mayoria de tutoriales en la red tienen su capítulo de Mysql con PHP .. Los mejores que he visto al respecto son en ingles y estan en sitios como:
www.devshed.com www.devarticles.com www.phpbuilder.com
Y .. usa google .. que ayuda mucho ..
Un saludo,