Ale:
 
armé una estructura similar para ver si funcionaba, y me topé con lo siguiente: 
si pongo la acción en el frame como en tu ejemplo, no funciona. 
Código:
 BTbat.onRelease = function () {
fscommand("exec","capitulo001.bat";
}
  si pongo la acción en el botón, sí funciona. 
Código:
 on(Release) {
fscommand("exec","capitulo001.bat";
}
  es rarísimo, pero eso me pasa, de la segunda forma funciona. 
Otras ideas:
1. Probaste el .bat solo para ver si funciona? (sisi ya sé, es como los manuales de televisores que dicen "verifique que está enchufado", pero a veces se nos escapa, je) 
2. Probaste poniéndole otra acción al .bat para ver si funciona? 
ejemplo podría ser: 
Código:
 @echo off
dir c:\ /p
pause
  3. Tu estructura de carpetas y archivos está como debería?
sería así la correcta:  
carpeta del proyector\proyector.exe
carpeta del proyector\fscommand\capitulo001.bat
carpeta del proyector\capitulos\SS001_Cap.txt 
4. Por último, por si es un tema de configuración de seguridad, probaste publicando en formato de flash 7 u 8?? 
Espero que algo de todo esto funcione. 
Un abrazo,