El script te permite definir la estructura de la URL. Mira aquí:
http://phperu.net/paging/modrewrite. Aunque el nombre de la sección no abarca en realidad todas las posibles utilidades del método linkEstructura(), la verdad es que usando ese método puedes definir una estructura personalizada para las URLs generadas en la barras de navegación. En tu caso sería algo como:
Código PHP:
$paging->linkEstructura("http://nombredominio.com/nombrecarpeta/modules.php?name=Nombre_del_modulo&page={n}");
{n} se reemplaza por el número de página correspondiente. Ojo con el nombre de la variable que va a almacenar el número de página, que por defecto es
page. Además, lo correcto es poner algunos caracteres como & en sus respectivas entidades html (&)