Yo no soy de la misma opinión, aunque sé que es un tema muy debatido. Creo que sólo cuando hay muy pocos registros es mejor este tipo de consulta. Cuando la tabla es grande y está bien indexada, creo que es preferible el inner join, y desde luego deja el código mucho más claro.
gnzsoloyo nos orienta mucho mejor en este post sobre el tema:
http://www.forosdelweb.com/f86/inner-join-644840/
Creo que en otro lo explicó todavía más ampliamente. Yo siempre aconsejo el uso de INNER JOIN cuando de cruzar tablas se trata, y dejo para restricciones más concretas el uso del WHERE.
saludos