dos cosas antes que nada. No te preocupes por BOM en tanto no te dé problemas con las sesiones. Pero si te empeñas en saber lo que es BOM, mira este enlace:
http://en.wikipedia.org/wiki/Byte_Order_Mark
A mí lo que me preocupa ahora es seguir los pasos que tú has seguido. Me explico. He creado un documento con oppenoffice.org calc (imagino que lo que tú has hecho), he escrito con caracteres UTF-8, concretamente en griego antiguo, y he exportado guardando como CSV y elegiendo la codificación UNICODE (UTF-8). Luego he creado una base MySQL con codificación utf-8 y con collation utf8_unicode_ci (por eso del griego antiguo). Finalmente, he importado desde esa base el archivo CSV, eligiendo para la importación desde PHPMyAdmin la codificación UTF-8 y el formato CSV, y no he tenido problemas.
¿Cómo lo estás haciendo tú?