mmm....
PHP siempre se ejecuta al ser usado en include/require ... y el HTML, bueno... es HTML
entonces, según mi conclusión... es que PHP no puede "codificar" tu PHP/HTML así no mas.... osea, o tu documento ya esta codificado con sus entidades (lo cual demuestra lo que dices) o hay algo mas extraño acá...
(lo digo, porque de entre millones de veces que se usa un
include, tu seas el primero al que le falla)
¿será???
¿cual es el contenido de tu
doumento.php???