Hola
Primero tiene que ver que tus tablas sena del tipo innoDb, ya que estas tablas aceptan transacciones.
Si deseas darle mas seguridad puedes usar LOCK TABLES, con el cual puedes bloquear la tabla hasta que termines tu operaciín.
mas info
http://dev.mysql.com/doc/refman/5.0/es/commit.html http://dev.mysql.com/doc/refman/5.0/es/lock-tables.html