Depende. Si es que lo quieres hacer totalmente profesional puedes hacer una plantillas totalmente nueva para que quede exactamente como quieren los de la empresa. Pero existe también la posibilidad de adaptar una plantilla al diseño de lo que ellos quieren. Es más fácil. Pero fíjate en la licencia de la plantilla , ya que no es legal editar cualquier plantilla así como así y publicarla en un sitio web.
En este sitio encontrarás muchas plantillas con sus diferentes licencias:
http://www.bestofjoomla.com/
Suerte!