Creo que ya vi el error, despues de la consulta de $sql2 asignas los registros a $row y, ya tenias desde antes un $row, donde obtienes ci_responsable y ci_usuario, si esto esta dentro de un bucle while() {} entonces debieras usar $row2 = mysql_fetch_array($rs2)
Y tambien te recomendaria cambiar:
Código PHP:
echo (" <p>
<label><strong><br />
Responsable: C.I.
<select name='ci_responsable' id='ci_responsable' onchange='ajaxFunction()'>
<option selected='selected'>".$row["ci_responsable"]."</option>");
// Por:
?>
<p><label><strong><br />
Responsable: C.I.
<select name="ci_responsable" id="ci_responsable" onchange="ajaxFunction()">
<option value="<?php $row["ci_responsable"] ?>" selected="selected"><?php $row["ci_responsable"] ?></option>
<?php
Todo tu codigo html directo y solo los bloques pequeños o variables con echo.