Bienvenido al foro alfrecv, bien antes que nada habría que ver que calidad le dieron al video antes de subirlo a youtube, de ahí dependera si youtube lo trono al subirlo a su sistema dandole una mayor compresión más de lo necesario, de ahí que se pueda ver algo mal.
Mira lo que puedes hacer es bajarte el códec ffdshow este lo encunetras en:
http://www.mundodivx.com/descargas.php?id=28
Sigue las instrucciones que vienen en esta página para que instales correctamente el códec, y luego te bajas el "super" de erighsoft", así tanto con el códec como con el programa super ya podras ver direcatmente los flv en tu windows media player.
La otra es que utilices el propio super para pasar a otro formato tu flv como a mpg o a un avi.