Te has
"cagado" en tu
index.php dos veces.... jajajajaja!
Le dejastes dos veces:
<jdoc:include type="component" />... y aparte de haber hecho esto también no le quitastes lo siguiente:
<?php } ?>
Entonces para darte una mejor idea tiene que quedarte así:
Código PHP:
<!-- BEGIN: CONTENT -->
<div id="ja-content">
<div class="ja-innerpad clearfix">
<?php if (JRequest::getCmd( 'view' ) != 'frontpage') {?>
<div id="ja-pathway">
<jdoc:include type="module" name="breadcrumbs" />
</div>
<?php } ?>
<?php if ($this->countModules('newslight') ) { ?>
<div id="ja-newslight">
<jdoc:include type="modules" name="newslight" style="xhtml" />
</div>
<?php } ?>
<jdoc:include type="component" />
<?php if ( $this->countModules('banner') ) { ?>
<div id="ja-banner">
<jdoc:include type="modules" name="banner" style="raw" />
</div>
<?php } ?>
</div>
</div>
<!-- END: CONTENT -->
Copia y pega este código de arriba entre los tags <!-- BEGIN: CONTENT --> y <!-- END: CONTENT -->
Hazlo bien porque si no lo haces vas a seguir teniendo problemas.