Si creo que ya lo tengo, osea que lo que tu necesitas son las clasificaciones que tienen los productos de tu cliente (indstintamente de los productos...
Veamos si te sirve esto.
Código:
<?
$qry1="select * from clientes where clientesUsuario='$PHP_AUTH_USER'";
echo $qry1.";<br>";
$sql11=mysql_query($qry1,$con);
$row11 = mysql_fetch_array($sql11);
$usu=$row11['clientesId'];
$qry2="SELECT DISTINCT c.clasificacion FROM productos_clientes AS p INNER JOIN catalogo AS c ON c.productoId=p.id WHERE p.indice='$usu'";
echo $qry2.";<br>";
$sql21=mysql_query($qry2,$con);
?>
<select name="categoria">
<option>SELECT</option>
<?
while($row21 = mysql_fetch_array($sql21))
{
?>
<option value="<?=$row21['clasificacion']; ?>" > <?= $row21['clasificacion']; ?></option>
<?
}
?>
</select>
Como recomendacion adicional trata de no usar el * para el select si tu web es de mucha demanda consumira recursos extra. (esto solo como una buena practica para mejorar el desempeño).
Comentas si te sirve o si no es lo que buscas