cómo hago para seleccionar si quiero pagar o no el envío y que el total lo respete?

[GatorV]

Pues en el código que expones no indicas de donde le vas a preguntar eso al usuario pero a nivel PHP lo resuelves usando un if simple:

Código php:

<?php
//
// Calculo gastos de envio
//
if(usuario_paga_envio()) {
     $gastos_envio = $pedido->calcula_envio($dbh,$_SESSION["id_user"],$_SESSION["jobs"]);
}
//
// Calculo Grantotal
//
$gran_total = floatval($gastos_envio) + floatval($total) - $descuento_cupon;
 

Saludos.