Intenta no escribir echo o en su defecto utilizar php donde no lo necesites, ya que se carga mas el servidor, te recomiendo que quites todos esos echos, no es necesario que la otra pagina tenga algo de php para hacerle un include.
Acerca de lo que pregutnas, es mas practico y sencillo hacerlo con includes, aparte de que te ahorras un monton de codigo no tienes que cambiar archivos uno a uno para cambiar algo que aparece en todo el sitio.
Solamente pon antes el <?php ob_start(); ?> despues de los includes, estos siempre deben estar primero que nada, incluso puedes hacer lo siguiente:
En el header pon el ob_start y el include log_in.php y ya en la nueva pagina le pones el include de el header y el footer, nadamas algo quiero señalar aqui, los footer se ejecutan de acuerdo a como estan estructurados, es decir de arriba para abajo y por tanto ahi solo te despliegara el header luego el footer y luego el contenido de tu nueva pagina. El codigo correcto quedaria mas o menos asi:
Código PHP:
<?php include("header.php"); ?>
Contenido de tu pagina
<?php include("footer.php"); ?>
En este caso como necesitas ejecutar el footer hasta el final no importa la regla de el include hasta el principio, igual funcionara asi que no te preocupes.
Suerte y saludos