Hola
towanime, bienvenido al foro!
En primer lugar debes entender una cosa. PHP es un lenguaje de servidor y HTML es un lenguaje de cliente (navegador). La estructura de uno al final no tiene nada que ver con el otro (Si bien uno genera al otro).
A lo que voy es que no importa cómo es que esté estructurado tu código PHP, el código HTML que tu navegador reciba siempre va a ser lo que tú le envíes usando PHP. No importa si es con echos, con includes, con prints o usando búferes. Lo que tus visitantes van a "ver", lo que los buscadores van a ver, lo que le va a dar el aspecto visual a tu sitio, es el código que generes con ese script PHP, y no la forma en la que lo haces.
Es cierto que la forma como está programado un sitio (hablando del servidor) sí tiene mucho que ver, sobretodo con tiepos de carga, pero el diseño HTML del sitio depende exclusivamente de las salidas que tu script PHP produzca.
Por lo tanto, y respondiendo a tu pregunta, el buscador no ve la forma en la que tu generas el sitio. Sólo ve el resultado final. Aquí no hay una forma que sea mejor que otra. Obviamente es más recomendable tener un archivo común que se encargue de generar una cabecera para el sitio (además de realizar procesos comunes en el lado del servidor). Así te facilitas la edición del sitio.
Un saludo,
