Hola.
 
Para ejectutar un .exe y mandarles parametros puedes usar esto: 
System.Diagnostics.Process.Start(”Proceso.exe”, “Parametro1″, “Parametro2″); 
Ahora si lo que quieres es saber como recibir parametros desde un exe mira este ejemplo:  
http://solucionesdotnet.blogspot.com...ar-un-exe.html 
Espero sea eso lo que necesitas, sino avisanos.
Suerte.