Hola.
Por ahí lo que te hubiere convenido para esto es hacer una aplicacion con un winForms, pero bueno, tendras a lo mejor otros motivos.
Bueno, aca te muestro un código que encontré y lo que hace oculta y muestra la ventana.
Te paso el codigo completo:
Código PHP:
using System;
using System.Collections.Generic;
using System.Text;
using System.Data.SqlClient;
using System.Runtime.InteropServices;
namespace ConsoleApplication1
{
class Program
{
[DllImport("user32.dll")]
public static extern int ShowWindow(int Handle, int showState);
[DllImport("kernel32.dll")]
public static extern int GetConsoleWindow();
// constants
const int SW_SHOWNORMAL = 1;
const int SW_HIDE = 0;
static void Main(string[] args)
{
int win = GetConsoleWindow();
ShowWindow(win, SW_HIDE);
System.Threading.Thread.Sleep(3000);
ShowWindow(win, SW_SHOWNORMAL);
}
}