hola, recién en la madrugada de hoy pude probar y logré resolverlo, probé poner literal la sugerencia de Franko y Avellaneda y me incluía en el listado pedidos pendientes para el 08/01/2009, pero me filtraba si ponía un pedido para mas allá del 01/06/2009 por lo que deduje que en algún lado estaba tomando la fecha en formato americano como también me planteaban que pudiera estar pasando, así que probé poner:
"Select * From Transaccion where IdPaciente = " & Form1.txtIDPaciente.Text & " and FechaAplicacion < #" & Format(Date, "mm/dd/yyyy") & "# order by FechaAplicacion "
y anduvo perfecto por fín, muchas gracias