En el imagecopyresample, esos cuatro ceros, son los parametros de las coordenadas de la esquina superior izquierda que junto con el tamaño determinan el rectangulo que se copia y el rectangulo donde se copia. Para lo que tu quieres, seria algo como
Código PHP:
imagecopyresampled($img1,$img2,0,0,0,$cutpx/2,$size[0],$size[1]-$cutpx, $size[0], $size[1]-$cutpx);