Pues es un problema simple de matematicas, no tanto de PHP, simplemente dibuja tus cuadros, si necesitas copiar y cambiar el tamaño, vas a tener que aplicar la logica.
Imagina la imagen original es de 300 x 400, si quieres convertirla a un thumb de 50x50 y a la vez recortarle 15px de arriba y 15px de abajo por ejemplo, primero le restas al alto la cantidad:
Código php:
Ver original<?php
$width = 300;
$height = 400;
$offset_bottom = 15;
$offset_top = 15;
$new_height = $height - $offset_bottom;
Posteriormente copias y haces el resampling:
Código php:
Ver original<?php
$destwidth = 50;
$destheight = 50;
$source_x = $offset_top; // Vamos a copiar con un cierto desface
$source_y = 0;
$dest_x = 0;
$dest_y = 0;
imagecopyresampled( $source, $dest, $dest_x, $dest_y, $source_x, $source_y, $destwidth, $destheight, $width, $newheight );
Si te fijas es simple, solo restamos el padding que quieres y ya esta.
Saludos