Tal vez sea un problema relacionado con el dominio y directorio de acceso. Prueba agregando el 4to y 5to parámetro de la función setcookie():
Código PHP:
setcookie("usuario", $_POST['email'], time()+60*60*48, '/', '.tudominio.tld');
Las sesiones definitivamente no influyen sobre las cookies. Sin destrozas una sesión se destroza sólo aquella cookie que guarda el id de la sesión en el cliente, pero el resto no.
