Todas las clases que he visto para trabajar PDF's tienen un método para guardar el archivo físicamente en disco. ¿cuáles dices que haz visto que no tienen dicha opción?.
De las clases más populares, en definitiva, esta FPDF, aunque igual TCPDF me pareció buena (creo partió de FPDF), por ahí hay otra PDF-PHP y algunas otras más (google); en general cualquiera te podrá servir si trabajas con la información directamente.
Suerte
