... separando los "campos" con comillas debería bastar ("todo esto, es un campo", "este otro", "etc.."), sin embargo, PHP cuenta con funciones específicas para el manejo de archivos CSV. En tu caso, creo el uso de fputcsv() debería bastar.
www.php.net/fputcsv
Para referencias a las demás funciones, checa la documentación. Suerte
