mmmmmmmmmmmmmm teines que hacer algo asi, claro que tienes que validar si selecciono subcategoria, para que en base a eso le agregues eso
.
Código PHP:
$categoria = $_POST['categoria'];
$subcategoria = $_POST['subcategoria'];
$porcentaje = $_POST['porcentaje_precio'];
$precionuevo = $precio_antiguo + ($precio_antiguo*$porcentaje);//Este precio_antiguo lo debes de haber conseguido antes
$sql= "update tu_tabla t set t.PrecioUnitario = ".$precio_nuevo." where t.IdCategoria = ".$categoria;
//si escogio subcategoria tambien se agrega esto
$sql.= " and t.IdSubcategoria=".$subcategoria;
$resul = mysql_query($sql);
Espero haberme dejado entender la idea(sorry es que toy con un poco de sueño).