Cita:
Iniciado por GatorV 
Hola JuanRAPerez,
Viendo el Source de Greybox, lo que hace es adjuntar un "onload" al evento window, llama a la funcion decoGreyboxLinks() que cicla por todo el DOM los elementos <a> y busca el atributo rel="".
Lo que tendrias que hacer es copiar todos los .js, en el directorio padre (el que no es cargado por AJAX), y al evaluar los scripts, volver a llamar a decoGreyboxLinks(), para que salgan los enlaces que cargues por AJAX.
Saludos
GatorV:
quiero agradecerte el tiempo y sobre todo la ayuda, la cual ha sido muy buena.
Ya esta resuelto el problema, para la gente que entre a este post, les dejo como queda la pagina que se llama con el AJAX
Gracias Totales: GatorV!
destacado.html Código PHP:
<html xmlns="http://www.w3.org/1999/xhtml">
<head>
<meta content="text/html; charset=utf-8" http-equiv="Content-Type">
<title>destacado</title>
</head>
<body>
<h1>destacado</h1>
<h2><a href="PopUp_Galeria.html" title="galeria" rel="gb_page_center[500, 500]">enlace para cargar la ventana emergente con greybox</a></h2>
<p><strong>el enlace contiene el metodo de greybox lo siguiente</strong>: <br><a href="PopUp_Galeria.asp?id=2"
title="galeria" rel="gb_page_center[500, 500]">enlace para cargar la ventana
emergente con greybox</a></p>
<h2><a href="http://www.google.com" onclick="window.open('http://www.google.com','new','toolbar=no,directories=no,status=no,titlebar=no,menubar=no,scrollbars=no,resizable=no,width=300,height=450,top=0,left=0'); return false">enlace 2</a></h2>
<p><strong>el enlace 2 contiene</strong>:<br><a href="http://www.google.com" onclick="window.open('http://www.google.com','new','toolbar=no,directories=no,status=no,titlebar=no,menubar=no,scrollbars=no,resizable=no,width=300,<br>height=450,top=0,left=0'); return false">enlace 2</a></p>
<p>cargado el : <%=now()%></p>
<script type="text/javascript">
setTimeout("alert('2 segundos!')",2000);
decoGreyboxLinks();
</script>
<p>fin escritura</p>
</body>
</html>
:)