Código PHP:
// En tu consulta no estas solicitando todos los campos que deseas, solo id y user_email
$sql = "SELECT id,user_email FROM users WHERE
user_email = '$user_email' AND
user_pwd = '$md5pass' AND user_activated='1'";
// ... mas adelante en tu codigo:
// A matching row was found - the user is authenticated.
// ESTA DEBE SER LA PRIMERA LINEA EJECUTADA PARA EVITAR PROBLEMAS:
session_start();
// En este list agregarias los otros datos que necesites y ya tengas en la consulta
list($user_id,$user_email) = mysql_fetch_row($result);
// this sets variables in the session
$_SESSION['user']= $user_email;
// Aqui asignas el resto de variables de sesion que necesites
// Y las podras usar en todo tu sitio
$_SESSION['otro_campo'] = $otro_campo;